无公害蔬菜是指蔬菜中有害物质，如：农药残留、重金属、亚硝酸盐等的含量，控制在国家规定的允许范围内，人们食用后对人体健康不造成危害的蔬菜。发展绿色农业已成趋向，无公害蔬菜也将成为人们餐桌上的必须品。生产高产质优的无公害蔬菜肥料很重要，微生物菌肥可在环境中迅速降解，对环境无任何不良影响，用于蔬菜上，能大幅度提高产量，还能逐步消除化肥污染，降低硝酸盐含量，提高蔬菜的安全品质，为无公害蔬菜生产创造了条件。微生物菌肥在无公害蔬菜生产中具有明显的效果。
蔬菜易于富集硝酸盐，蔬菜作物体内养分不平衡是导致硝酸盐积累的内在原因。当土壤供应养分平衡，蔬菜作物体内硝酸盐还原的速度与氮的吸收速度有机配合协调统一时，在产品中的硝酸盐不会过多积累。微生物菌肥主要依靠微生物新陈代谢活动发挥肥效，只有有机肥的长效性和化肥的速效特性，对蔬菜作物营养供应平稳且全面。由于氮素营养来源于生物固氮，而且固氮活性受植物对氮元素营养需要生理习性的调控，只要蔬菜作物不断对氮素营养需要，在满足固氮微生物所需要的固氮条件的基础上，氮素营养就会得到保证。磷、钾等元素依靠微生物对难溶性磷、钾的逐步缓慢分解为有效成分被蔬菜作物渐渐吸收。合理施用微生物肥料，有助于土壤中营养元素肥效的提高，减少化肥施用量，降低蔬菜产品中硝酸盐含量。在微生物作用下，产生和分解蔬菜作物所需要的营养物，既能供给氮、磷、钾营养元素，又能供给作物钙、镁、硫、铁、锰、锌、铜、硼、钼、硅十几种中微量元素，而且氮、磷、钾等营养元素的释放，受微生物的调控，能够较理想地满足蔬菜作物对氮、磷、钾以及中微量元素之间的平衡要求。
抑病抗病，减少农药残留量，促进作物生长
增施微生物菌肥，不仅能释放土壤中迟效的养分，供蔬菜作物利用，还能在一定程度上减轻病虫害的发生，降低病虫害的防治次数，减少农药残留量。一方面能改变土壤耕作层微生物区系，在蔬菜作物根系周围形成优势菌落，强烈抑制病原菌繁殖，使病害不发生；另一方面，微生物在其生命活动过程中产生激素类、腐植酸类以及抗生素类物质，能刺激作物生长健壮，抑制病害发生。增施微生物菌肥，能够解决茄子、西瓜等蔬菜作物的重茬问题。
改良土壤，培肥地力
常年施用微生物菌肥，可达到用地养地两结合之效，能逐年增加土壤有机质含量，改善土壤理化性状和生物性状，明显提高土壤中水、肥、气、热的综合作用，用的时间越长，地力越肥，增产越多，是一种可持续良性循环，不仅增强地力，而且从根本上解决了化肥对土壤的危害。
微生物菌中含有的活菌，只有进入土壤后才能发挥作用，而且生长繁殖有一定的碳氮要求。因此，微生物菌肥应提倡早施，施后土壤要保持湿润，在有机质高的土壤中，或与有机肥一起施用效果更好。
建立无公害蔬菜生产基地，地理要求基地周围不存在环境污染，地势平坦，土质肥沃，富含有机质，排灌条件良好。切实防止环境污染，包括防止大气、水质、土壤污染，尤其要防止工业的“三废”（废水、废气和废液）的污染，防止城市生活污水、废弃物、污泥垃圾、粉尘和农药、化肥等方面的污染，同时，预防酸雨的危害。所选用微生物菌肥就是在肥料方面为无公害蔬菜创造优质的施肥条件。